ChatRoom-20151116

 

介紹一個實用的畫Heatmap軟體,其優點有:

  1. 免費下載使用。

  2. 免安裝,下載完成解壓縮後,即可直接執行。

  3. 操作介面簡單。

  4. 提供基本的統計檢定(Statistical test)及集群分析(Cluster Analysis)。

 

TM4首頁網址:http://www.tm4.org/mev.html

 

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點選網頁右邊Download MeV v4.9並解壓縮,提醒您,在執行此軟體之前,記得要先安裝Java,並更新至最新版本。

分析步驟如下:

1. 解壓縮完後的資料夾,點擊「MeV」,執行程式。

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2. File " Load Data

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3. 輸入資料。

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4. Clustering " Hierarchical Clustering,此為最常使用的Heatmap分析方法。

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5. 分析參數設定。

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6. 分析完成後,在視窗左邊,會多出HCL(1)的subtree,點選HCL Tree,就可以看到分群後的Heatmap了。

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7. 在Display裡面有Heatmap的格式調整,可設定字型、顏色、顏色尺度、格子大小…等,讓圖形呈現得更漂亮。

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這樣最基本的Heatmap即完成了,若對其他分析方法或Cluster的參數設定有疑問,請咨詢生物資訊或統計的專業人員。

 

以上內容感謝分生所徐唯哲研究助技師提供,希望對您們有幫助。

 

 

 

 

 

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