ChatRoom-20161212

 

Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 是生圖自2012年起引進的生物資訊資料庫。為目前世界上內容最完整、註解最準確的生物醫學分析研發軟體暨資料庫,目前許多國際藥廠及知名研究機構皆採用IPA來作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、及代謝與調控路徑等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表文獻於知名期刊上,如 Nature、Cancer Research、PNAS等。研究人員可以藉由使用IPA從多個層面整合來自不同omics實驗平台的實驗資料,進而對實驗系統中生物分子間的互動關係、細胞表型或是疾病發展過程能有更深入的了解。

由於生圖購買的是同時上線2人,是故必須採取預約時段使用。每次使用三小時,使用完畢後,方能預約當日的其它時段。申請註冊及預約說明請詳見IPA網頁

以下約略介紹它的使用功能及特色:

I.  登入IPA(請先預約使用時段)

下載IPA Client後(http://www.ingenuity.com/products/login),輸入您的申請帳號(Email)以及密碼,選取login。

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II. 使用者介面

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新增工作選單: IPA使用者可以從這個下拉選單啟動一項IPA的分析功能或是pathway的繪製,也可以將實驗資料上傳到IPA進行分析工作。

搜尋列: 可切換不同的搜尋類型進行關鍵字搜尋,輸入框旁邊的Advanced Search可以設定篩選條件,讓搜尋結果更為精確。

IPA功能捷徑列表: 使用者可以在此開始一項新的IPA分析,與[新增工作選單]下拉選單內的功能幾乎相同。

計劃管理視窗: 此處存放了使用者上傳的實驗資料與以IPA 分析的最終結果,使用者可以點選並開啟。同時IPA內部專家所整理出的Signaling Pathway以及Metabolic Pathway四百多個Pathway圖型也存放在最下面的IPA Library資料夾裡面,這些Pathway名稱可以在搜尋列中搜尋得到。

 

III.  利用IPA進行資料搜尋

搜尋GeneChemical資訊

輸入Gene或是Protein的名稱或是MicroRNA名稱後按下Search,以SERPINE1為例子如下:

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搜尋結果視窗: 列出名稱或是同義字與使用者輸入的搜尋關鍵字相符合的結果,並且包含註解 (Location, Type等)

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Function/Disease 搜尋功能

讓使用者針對特定生物功能或是疾病搜尋有相關研究的生物分子,關鍵字是該生物功能、毒性名稱或是疾病名稱

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Pathway/Tox List 搜尋

IPA內建有 Ingenuity Canonical Pathways 與 Toxicity Lists Library資料。例如可以找到Hepatic Cholestasis相關的毒物以及Signaling Pathway資料。此搜尋是針對該內建資料庫,您需要輸入 pathway的名稱作為關鍵字搜尋。

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IV.  以IPA建構Pathway

內含的工具列,可以進行多樣化Pathway編輯的功能。

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V.  上傳實驗資料並使用IPA分析功能

準備IPA分析用的Dataset

*  重複性實驗的數值平均、p-vlaue或fold-change等統計計算,要先在IPA分析之前完成。

*  將實驗資料用 Excel 表格檔案儲存,檔案裡面只能有一個Sheet存在。

 

分析功能種類:

IPA-Core Analysis 分析mRNA, miRNA或是protein的實驗資料

IPA-Tox Analysis: 分析後得到毒性學相關結果

IPA-Metabolomics Analysis: 主要用於分析代謝體(Metabolomics)實驗相關資料

 

IPA 分析結果

Functions analysis: 呈現因為分子變化而受影響的生物功能、疾病與毒性學結果

Canonical Pathways : 列出受實驗影響的Signaling Pathway與Metabolic Pathway

Upstream Analysis: 列出與資料中變動分子有關的Upstream molecules,以及根據研究文獻預測它們是否是被啟動或是被抑制。

Networks : 呈現實驗資料中的分子間的網路關係。並且可以利用Build Tool與Overlay Tool進行延伸與知識的拓展,以上各分析結果都是用來解釋實驗觀察到的現象的重要依據。

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歡迎大家多多利用。

 

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