ChatRoom-20170220  

 

https://bioinformatics.ca/links_directory/

生物資訊學 (Bioinformatics) 是一門廣泛的結合了生物學、計算機科學、應用數學、統計學和資訊學等等的科學領域。自從1970年開始,它的發展已經超過40年。有鑑於其迅速及大量的發展,Nucleic Acids Research期刊自2003年開始,發行Database Issue (一月) 及Web Server Issue (七月)。同時B. F. Francis Ouellette教授及其同事建構一個整合平台並將這些期刊所發布的生物資源 (Resources) 、資料庫 (Databases) 及分析工具 (Tools) 區分為11分類,以及每一分類項下的次分類,提供使用者一個快速搜索及連結的路徑 [1, 2] 。至2014年為止,Bioinformatics Links Directory已經收集超過2300生物資源、資料庫及工具。

frontpage-1   例如在 “descriptions” 中搜尋 關鍵字 ”transcription factor”,則會出現104相關的連結。假如只需要分析工具的話,可以隱藏資源及資料庫加速搜索效率。這62個工具中包括 MEME Suite (發現及分析核酸或蛋白質序列中的motif或 domain )、 JASPAR (搜尋JASPAR CORE 資料庫的工具) 、rVista 2.0 (應用比較序列分析 comparative sequence analysis方法來偵測人類、小鼠、大鼠基因體的轉譯因子結合位置TFBS)、等等。另外選擇PubMed可以連結至相關文獻,Links Directory Index 是此一資料庫或工具的文獻及其被引用的總合。 example-4   以DAVID Bioinformatics Resources為例,這個分析工具自2003年發表後,google連節指標是3468及使用者回饋達到5星,是一個生物學上廣泛應用的分析工具。 example-2

對於生物學或生物資訊入門者來說,如何在成千上百的資源和工具中找到可運用的資訊是一個挑戰。另一方面許多資源和工具因為某些因素,譬如資金來源、機器設備更新或人員調動等而改變或中斷,Bioinformatics Links Directory提供一個整合的平台,在使用者搜索後,若是有改變或無法連線時,將該資料庫或工具進一步移到google搜尋,避免遺漏。

 

[參考文獻]

The Bioinformatics Links Directory: a Compilation of Molecular Biology Web Servers. Joanne A. Fox, et al., Nucleic Acids Research, 2005, Vol. 33, Web Server issue W3–W24.

The 2011 bioinformatics links directory update: more resources, tools and databases and features to empower the bioinformatics community. Michelle D. Brazas, et al., Nucleic Acids Research, 2011, Vol. 39, Web Server issue W3–W7.

 

 以上內容感謝生醫所孫慶姝小姐提供,希望對您們有幫助。

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