20170619

質譜儀是分析蛋白體(Proteome)表現很重要的方法之一,了解分析樣品中含有那些蛋白質通常是分析的第一步。目前有許多蛋白質搜尋引擎可以幫我們來了解LC-MS/MS資料,作蛋白質定性分析(Protein Identification),然而不同的搜尋引擎有著不同的計算方法,定性的結果可能不盡相同。比利時Lennart Martens教授的研究團隊開發了SearchGUI軟體,整合了8套蛋白質搜尋引擎,透過PeptideShaker來呈現整合後的搜尋結果,並支援跨平台,操作介面直覺,相當方便。

 

首先到下列網址下載SearchGUI和PeptideShaker。

https://compomics.com/bioinformatics-for-proteomics/

https://compomics.github.io/projects/peptide-shaker.html

安裝後,開啟SearchGUI可以看到操作介面如下圖。

Input & Output中選擇質譜資料的檔案、編輯搜尋設定和指定輸出結果存放的位置。

Proteome1

在搜尋設定編輯的頁面,可以選擇FASTA檔、定義Modification的種類、編輯搜尋參數等等。

Proteome2

設定完成後,選擇要執行的搜尋引擎,記得也選取PeptideShaker,這樣SearchGUI執行完畢後會直接將結果呈現在PeptideShaker。選好後,按下「Search the Search!」,開始執行。

Proteome3

跑完後,PeptideShaker在Overview的分頁呈現Identified Proteins、選擇的Identified Protein是經由那些Peptides組成、Peptide的PSMs(Peptide Spectrum Matchs)是那些與其對應的圖譜。

Proteome4

除了Overview,PeptideShaker還提供很多好用的分析功能,包括Spectrum IDs、Fractions、Modifications、3D Structures、Annotation、GO Analysis、Validation和QC Plots。PeptideShaker的使用說明很豐富,使用者可以至官方網站查詢詳細的功能。

https://compomics.com/bioinformatics-for-proteomics/

Proteome5

 

 

感謝 TIGP 的 Wayne 提供以上資料

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